合并gz测序文件并过滤问题

[fallinwind]

您好，我在用SOAPnuke version2.1.7过滤二代数据时，因需要合并两次下机的数据，我使用了zcat合并再gzip压缩的方法合并了rawdata去跑fiilter，之后觉得zcat太慢了，直接使用cat合并了两次下机的fq.gz去跑filter；但最后发现使用zcat合并和cat合并跑filter的结果是不同的，这个是为什么呢，后来跑了两遍zcat发现跑两次zcat的结果是一样的，说明过滤计算可重现的。我也比较了zcat和cat合并后解压出来的fastq，发现是一样的呀，但为什么两种方法合并的数据跑filter得到了两种不同的结果呢，是程序内部解压的方式的原因吗，还是有其他原因呢，使用cat合并fq.gz的数据跑filter的结果可以使用吗？

[berry08]

您好，"我也比较了zcat和cat合并后解压出来的fastq，发现是一样的呀"，您说的一样是怎么判断的，两者的md5码一样吗？另外，如果是多个fastq输入文件，可以直接以文件列表形式输入的，在config里配置inputAsList参数，不用提前合并文件

[fallinwind]

您好，"我也比较了zcat和cat合并后解压出来的fastq，发现是一样的呀"，您说的一样是怎么判断的，两者的md5码一样吗？另外，如果是多个fastq输入文件，可以直接以文件列表形式输入的，在config里配置inputAsList参数，不用提前合并文件

我是用两种方法

1. zcat合并了fastq后，再输入soapnuke filter过滤
2. cat合并fastq，输入soapnuke filter过滤
   最终得到的clean.fastq不一样，所以挺好奇的，您那边测试的是我说的情况吗？

还有另外一个不相关的问题，就是我过滤后得到的fq1和fq2文件的reads顺序会被打乱，这个是正常的结果吧？