05-readData.Rmd

# Lecture des données

## Chargement des données (dans la mémoire de R)

Charger le contenu du fichier "expression.txt" dans une variable nommée "exprs".

```{r}
exprs <- read.table(file = "expression.txt", header = TRUE, sep = "\t")
```


Accéder à l'aide d'une fonction

```r
help(read.table)
```

Notation alternative

```r
?read.table
```

Recherche interactive sous RStudio
- Sélectionner l’onglet “Help” du panneau inférieur droit.
- Taper “read.table” dans la boîte de recherche.

![](images/help.png)

Sinon, une approche plus simple et plus pratique : 
- demande à Google “Comment lire une table en R ?”
- adapte l’exemple

## Affichage de l’objet “exprs”

Imprimer toutes les valeurs.

```{r}
print(exprs)
```

Affichage des premières lignes de l'objet

```{r}
head(exprs)
```

Affichage des dernières lignes de l'objet

```{r}
tail(exprs)
```

Un peu plus de lignes

```{r}
head(exprs, n = 15)
```

Explorer le tableau dans un panneau de visualisation

```r
View(exprs)
```

**Note**: vous pouvez cliquer sur une en-tête de colonne pour trier les données

Explorer le tableau avec le package [DT](https://rstudio.github.io/DT/){target="_blank"}.

```{r}
library(DT)
datatable(exprs)
```

## Caractéristiques d’un tableau de données

### Dimensions

Nombre de colonnes

```{r}
ncol(exprs)
```

Nombre de lignes
```{r}
nrow(exprs)	
```

Dimensions
```{r}
dim(exprs)
```

### Noms des colonnes et des lignes

Noms des colonnes

```{r}
colnames(exprs)
```

Idem

```{r}
names(exprs) 
```

Noms des lignes

```{r}
rownames(exprs)
```


### Résumé rapide des données par colonne

Statistiques par colonne

```{r}
summary(exprs)
```

Structure de la variable
```{r}
str(exprs)
```

Même résultat que dans le panneau “Environment”

![](images/envExpr.png)