diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp index a3982cefa8..ff499a6af3 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF.cpp @@ -96,7 +96,7 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, throw; } - Scan* scan = !s->scanList.empty() ? &s->scanList.scans[0] : 0; + const Scan& scan = !s->scanList.empty() ? s->scanList.scans[0] : Scan(); if (s->cvParam(MS_ms_level).valueAs() > 1 && !s->precursors.empty() && @@ -105,19 +105,29 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << "BEGIN IONS\n"; const SelectedIon& si = s->precursors[0].selectedIons[0]; - CVParam scanTimeParam = scan ? scan->cvParam(MS_scan_start_time) : CVParam(); + CVParam scanTimeParam = scan.cvParam(MS_scan_start_time); CVParam chargeParam = si.cvParam(MS_charge_state); CVParam spectrumTitle = s->cvParam(MS_spectrum_title); if (!spectrumTitle.empty()) - os << "TITLE=" << spectrumTitle.value << '\n'; + os << "TITLE=" << spectrumTitle.value; else if (titleIsThermoDTA) { - string scan = id::value(s->id, "scan"); - os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan << '.' << scan << '.' << chargeParam.value << '\n'; + string scan_string = id::value(s->id, "scan"); + os << "TITLE=" << thermoBasename << '.' << scan_string << '.' << scan_string << '.' << chargeParam.value; } else - os << "TITLE=" << s->id << '\n'; + os << "TITLE=" << s->id; + + CVParam collisionalCrossSectionalArea = scan.cvParam(MS_collisional_cross_sectional_area); + if (!collisionalCrossSectionalArea.empty()) + { + os << ", " << "ccs=" << collisionalCrossSectionalArea.valueFixedNotation() << '\n'; + } + else + { + os << '\n'; + } if (!scanTimeParam.empty()) os << "RTINSECONDS=" << scanTimeParam.timeInSeconds() << '\n'; @@ -132,6 +142,11 @@ void Serializer_MGF::Impl::write(ostream& os, const MSData& msd, os << " " << intensityParam.valueFixedNotation(); os << '\n'; + CVParam inverseReduceIonMobility = scan.cvParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility); + if (!inverseReduceIonMobility.empty()) + os << "ION_MOBILITY=" << si.cvParam(MS_selected_ion_m_z).valueFixedNotation() << " " << inverseReduceIonMobility.valueFixedNotation(); + os << '\n'; + if (chargeParam.empty()) { vector charges; diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp index 382e9640a7..c9a3b49f96 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_MGF_Test.cpp @@ -122,6 +122,8 @@ void initializeTinyMGF(MSData& msd) s21.scanList.scans.push_back(Scan()); Scan& s21scan = s21.scanList.scans.back(); s21scan.set(MS_scan_start_time, 42.0, UO_second); + s21scan.set(MS_inverse_reduced_ion_mobility, 421.0, MS_volt_second_per_square_centimeter); + s21scan.set(MS_collisional_cross_sectional_area, 1.376, UO_square_angstrom); s21.setMZIntensityArrays(vector(), vector(), MS_number_of_detector_counts); BinaryData& s21_mz = s21.getMZArray()->data; @@ -154,7 +156,7 @@ void testWriteRead(const MSData& msd) DiffConfig diffConfig; diffConfig.ignoreIdentity = true; diffConfig.ignoreChromatograms = true; - + Diff diff(msd, msd2, diffConfig); if (os_ && diff) *os_ << diff << endl; unit_assert(!diff); @@ -203,5 +205,4 @@ int main(int argc, char* argv[]) } TEST_EPILOG -} - +} \ No newline at end of file diff --git a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp index 961aa5147d..8af6263ba4 100644 --- a/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/Serializer_mzXML.cpp @@ -441,6 +441,7 @@ struct PrecursorInfo string collisionEnergy; string activation; double windowWideness; + bool empty() const { @@ -514,7 +515,6 @@ vector getPrecursorInfo(const Spectrum& spectrum, return result; } - void write_precursors(XMLWriter& xmlWriter, const vector& precursorInfo) { xmlWriter.pushStyle(XMLWriter::StyleFlag_InlineInner); diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp index 60230c28e2..3a158bfa04 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_MGF.cpp @@ -40,6 +40,9 @@ using namespace pwiz::util; namespace { +const char* startTagCCSInTitle = "ccs="; +const char* endTagsCCSInTitle[] = { " ", ",",";","\t" }; + class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF { public: @@ -218,10 +221,18 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF // Some formats omit RTINSECONDS and store the retention time // in the title field instead. double scanTimeMin = getRetentionTimeFromTitle(value); + if (scanTimeMin > 0) scan.set(MS_scan_start_time, scanTimeMin * 60, UO_second); - spectrum.set(MS_spectrum_title, value); + double ccs = getCCSFromTitle(value); + + if (ccs >= 0) + { + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_collisional_cross_sectional_area, ccs, UO_square_angstrom)); + } + + spectrum.set(MS_spectrum_title, removeCCSFromTitle(value)); } else if (name == "PEPMASS") { @@ -235,6 +246,13 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF else selectedIon.set(MS_selected_ion_m_z, value, MS_m_z); } + else if (name == "ION_MOBILITY") + { + bal::trim(value); + size_t delim = value.find_last_of(' '); + + scan.cvParams.push_back(CVParam(MS_inverse_reduced_ion_mobility, value.substr(delim + 1, value.size() - delim - 1), MS_volt_second_per_square_centimeter)); + } else if (name == "CHARGE") { bal::trim_if(value, bal::is_any_of(" \t\r")); @@ -330,6 +348,62 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF spectrum.set(MS_base_peak_intensity, basePeakIntensity); } + static size_t FindEndTag(const string& title, size_t start) + { + for (int i = 0; i < sizeof(endTagsCCSInTitle) / sizeof(endTagsCCSInTitle[0]); i++) + { + const size_t tmpEnd = title.find(endTagsCCSInTitle[i], start); + if (tmpEnd != string::npos) + { + return tmpEnd; + } + } + + return title.length(); + } + + /** + * Parse the spectrum title to look for CCS. + */ + static double getCCSFromTitle(const string& title) + { + size_t start = title.find(startTagCCSInTitle, 0); + + if (start == string::npos) + return -1; // not found + + start += strlen(startTagCCSInTitle); + + try + { + return boost::lexical_cast(title.substr(start, FindEndTag(title, start + strlen(startTagCCSInTitle)) - start)); + } + catch (...) + { + return -1; + } + } + + /** + * Parse the spectrum title to look for CCS. + */ + static string removeCCSFromTitle(const string& title) + { + size_t start = title.find(startTagCCSInTitle, 0); + + if (start == string::npos) + return title; // not found + + try + { + return title.substr(0, start - 2) + title.substr(FindEndTag(title, start)); + } + catch (...) + { + return title; + } + } + /** * Parse the spectrum title to look for retention times. If there are * two times, return the center of the range. Possible formats to look @@ -346,7 +420,6 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF double secondTime = 0; for(int format_idx = 0; format_idx < 2; format_idx++) { - size_t position = 0; firstTime = getTime(title, startTags[format_idx], endTags[format_idx], position); @@ -376,7 +449,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF * Update position to the end of the parsed double. */ double getTime(const string& title, const char* startTag, - const char* endTag, size_t position) const + const char* endTag, size_t& position) const { size_t start = title.find(startTag, position); if( start == string::npos ) @@ -403,7 +476,6 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF size_t lineCount = 0; bool inBeginIons = false; vector::iterator curIdentityItr; - map::iterator curIdToIndexItr; while (std::getline(*is_, lineStr)) // need accurate line length, so do not use pwiz::util convenience wrapper { @@ -421,7 +493,7 @@ class SpectrumList_MGFImpl : public SpectrumList_MGF curIdentityItr->index = index_.size()-1; curIdentityItr->id = "index=" + lexical_cast(index_.size()-1); curIdentityItr->sourceFilePosition = size_t(is_->tellg())-lineStr.length()-1; - curIdToIndexItr = idToIndex_.insert(pair(curIdentityItr->id, index_.size()-1)).first; + idToIndex_.insert(pair(curIdentityItr->id, index_.size() - 1)).first; inBeginIons = true; } else if (lineStr.find("TITLE=") == 0) diff --git a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp index cc9b7567e5..6866d17245 100644 --- a/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp +++ b/pwiz/data/msdata/SpectrumList_mzXML.cpp @@ -567,7 +567,6 @@ class HandlerScan : public SAXParser::Handler bool getBinaryData_; string scanNumber_; string collisionEnergy_; - string activationMethod_; HandlerPeaks handlerPeaks_; HandlerPrecursor handlerPrecursor_; CVID nativeIdFormat_; diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML index 0f5f947d83..d2dfa3f40c 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-centroid.mzML @@ -158,6 +158,7 @@ + @@ -268,6 +269,7 @@ + @@ -377,6 +379,7 @@ + @@ -487,6 +490,7 @@ + @@ -597,6 +601,7 @@ + @@ -706,6 +711,7 @@ + @@ -816,6 +822,7 @@ + @@ -926,6 +933,7 @@ + @@ -1035,6 +1043,7 @@ + @@ -1145,6 +1154,7 @@ + @@ -1255,6 +1265,7 @@ + @@ -1364,6 +1375,7 @@ + @@ -1474,6 +1486,7 @@ + @@ -1584,6 +1597,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML index 3c71619185..da1d0c2d8e 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-combineIMS-ms2-centroid.mzML @@ -157,6 +157,7 @@ + @@ -267,6 +268,7 @@ + @@ -376,6 +378,7 @@ + @@ -486,6 +489,7 @@ + @@ -596,6 +600,7 @@ + @@ -705,6 +710,7 @@ + @@ -815,6 +821,7 @@ + @@ -925,6 +932,7 @@ + @@ -1034,6 +1042,7 @@ + @@ -1144,6 +1153,7 @@ + @@ -1254,6 +1264,7 @@ + @@ -1363,6 +1374,7 @@ + @@ -1473,6 +1485,7 @@ + @@ -1583,6 +1596,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML index 708f9c07a3..a261146d00 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-centroid.mzML @@ -8122,6 +8122,7 @@ + @@ -8176,6 +8177,7 @@ + @@ -8230,6 +8232,7 @@ + @@ -8284,6 +8287,7 @@ + @@ -8338,6 +8342,7 @@ + @@ -8392,6 +8397,7 @@ + @@ -8446,6 +8452,7 @@ + @@ -8500,6 +8507,7 @@ + @@ -8554,6 +8562,7 @@ + @@ -8608,6 +8617,7 @@ + @@ -8662,6 +8672,7 @@ + @@ -8716,6 +8727,7 @@ + @@ -8770,6 +8782,7 @@ + @@ -8824,6 +8837,7 @@ + @@ -8878,6 +8892,7 @@ + @@ -8932,6 +8947,7 @@ + @@ -8986,6 +9002,7 @@ + @@ -9040,6 +9057,7 @@ + @@ -9094,6 +9112,7 @@ + @@ -9148,6 +9167,7 @@ + @@ -9202,6 +9222,7 @@ + @@ -9256,6 +9277,7 @@ + @@ -9310,6 +9332,7 @@ + @@ -9364,6 +9387,7 @@ + @@ -9418,6 +9442,7 @@ + @@ -10977,6 +11002,7 @@ + @@ -11031,6 +11057,7 @@ + @@ -11085,6 +11112,7 @@ + @@ -11139,6 +11167,7 @@ + @@ -11193,6 +11222,7 @@ + @@ -11247,6 +11277,7 @@ + @@ -11301,6 +11332,7 @@ + @@ -11355,6 +11387,7 @@ + @@ -11409,6 +11442,7 @@ + @@ -11463,6 +11497,7 @@ + @@ -11517,6 +11552,7 @@ + @@ -11571,6 +11607,7 @@ + @@ -11625,6 +11662,7 @@ + @@ -11679,6 +11717,7 @@ + @@ -11733,6 +11772,7 @@ + @@ -11787,6 +11827,7 @@ + @@ -11841,6 +11882,7 @@ + @@ -11895,6 +11937,7 @@ + @@ -11949,6 +11992,7 @@ + @@ -12003,6 +12047,7 @@ + @@ -12057,6 +12102,7 @@ + @@ -12111,6 +12157,7 @@ + @@ -12165,6 +12212,7 @@ + @@ -12219,6 +12267,7 @@ + @@ -12273,6 +12322,7 @@ + @@ -20656,6 +20706,7 @@ + @@ -20709,6 +20760,7 @@ + @@ -20762,6 +20814,7 @@ + @@ -20815,6 +20868,7 @@ + @@ -20868,6 +20922,7 @@ + @@ -20921,6 +20976,7 @@ + @@ -20974,6 +21030,7 @@ + @@ -21027,6 +21084,7 @@ + @@ -21080,6 +21138,7 @@ + @@ -21133,6 +21192,7 @@ + @@ -21186,6 +21246,7 @@ + @@ -21239,6 +21300,7 @@ + @@ -21292,6 +21354,7 @@ + @@ -21345,6 +21408,7 @@ + @@ -21398,6 +21462,7 @@ + @@ -21451,6 +21516,7 @@ + @@ -21504,6 +21570,7 @@ + @@ -21557,6 +21624,7 @@ + @@ -21610,6 +21678,7 @@ + @@ -21663,6 +21732,7 @@ + @@ -21716,6 +21786,7 @@ + @@ -21769,6 +21840,7 @@ + @@ -21822,6 +21894,7 @@ + @@ -21875,6 +21948,7 @@ + @@ -21928,6 +22002,7 @@ + @@ -22542,6 +22617,7 @@ + @@ -22596,6 +22672,7 @@ + @@ -22650,6 +22727,7 @@ + @@ -22704,6 +22782,7 @@ + @@ -22758,6 +22837,7 @@ + @@ -22812,6 +22892,7 @@ + @@ -22866,6 +22947,7 @@ + @@ -22920,6 +23002,7 @@ + @@ -22974,6 +23057,7 @@ + @@ -23028,6 +23112,7 @@ + @@ -23082,6 +23167,7 @@ + @@ -23136,6 +23222,7 @@ + @@ -23190,6 +23277,7 @@ + @@ -23244,6 +23332,7 @@ + @@ -23298,6 +23387,7 @@ + @@ -23352,6 +23442,7 @@ + @@ -23406,6 +23497,7 @@ + @@ -23460,6 +23552,7 @@ + @@ -23514,6 +23607,7 @@ + @@ -23568,6 +23662,7 @@ + @@ -23622,6 +23717,7 @@ + @@ -23676,6 +23772,7 @@ + @@ -23730,6 +23827,7 @@ + @@ -23784,6 +23882,7 @@ + @@ -23838,6 +23937,7 @@ + @@ -24627,6 +24727,7 @@ + @@ -24681,6 +24782,7 @@ + @@ -24735,6 +24837,7 @@ + @@ -24789,6 +24892,7 @@ + @@ -24843,6 +24947,7 @@ + @@ -24897,6 +25002,7 @@ + @@ -24951,6 +25057,7 @@ + @@ -25005,6 +25112,7 @@ + @@ -25059,6 +25167,7 @@ + @@ -25113,6 +25222,7 @@ + @@ -25167,6 +25277,7 @@ + @@ -25221,6 +25332,7 @@ + @@ -25275,6 +25387,7 @@ + @@ -25329,6 +25442,7 @@ + @@ -25383,6 +25497,7 @@ + @@ -25437,6 +25552,7 @@ + @@ -25491,6 +25607,7 @@ + @@ -25545,6 +25662,7 @@ + @@ -25599,6 +25717,7 @@ + @@ -25653,6 +25772,7 @@ + @@ -25707,6 +25827,7 @@ + @@ -25761,6 +25882,7 @@ + @@ -25815,6 +25937,7 @@ + @@ -25869,6 +25992,7 @@ + @@ -25923,6 +26047,7 @@ + @@ -34306,6 +34431,7 @@ + @@ -34359,6 +34485,7 @@ + @@ -34412,6 +34539,7 @@ + @@ -34465,6 +34593,7 @@ + @@ -34518,6 +34647,7 @@ + @@ -34571,6 +34701,7 @@ + @@ -34624,6 +34755,7 @@ + @@ -34677,6 +34809,7 @@ + @@ -34730,6 +34863,7 @@ + @@ -34783,6 +34917,7 @@ + @@ -34836,6 +34971,7 @@ + @@ -34889,6 +35025,7 @@ + @@ -34942,6 +35079,7 @@ + @@ -34995,6 +35133,7 @@ + @@ -35048,6 +35187,7 @@ + @@ -35101,6 +35241,7 @@ + @@ -35154,6 +35295,7 @@ + @@ -35207,6 +35349,7 @@ + @@ -35260,6 +35403,7 @@ + @@ -35313,6 +35457,7 @@ + @@ -35366,6 +35511,7 @@ + @@ -35419,6 +35565,7 @@ + @@ -35472,6 +35619,7 @@ + @@ -35525,6 +35673,7 @@ + @@ -35578,6 +35727,7 @@ + @@ -36192,6 +36342,7 @@ + @@ -36246,6 +36397,7 @@ + @@ -36300,6 +36452,7 @@ + @@ -36354,6 +36507,7 @@ + @@ -36408,6 +36562,7 @@ + @@ -36462,6 +36617,7 @@ + @@ -36516,6 +36672,7 @@ + @@ -36570,6 +36727,7 @@ + @@ -36624,6 +36782,7 @@ + @@ -36678,6 +36837,7 @@ + @@ -36732,6 +36892,7 @@ + @@ -36786,6 +36947,7 @@ + @@ -36840,6 +37002,7 @@ + @@ -36894,6 +37057,7 @@ + @@ -36948,6 +37112,7 @@ + @@ -37002,6 +37167,7 @@ + @@ -37056,6 +37222,7 @@ + @@ -37110,6 +37277,7 @@ + @@ -37164,6 +37332,7 @@ + @@ -37218,6 +37387,7 @@ + @@ -37272,6 +37442,7 @@ + @@ -37326,6 +37497,7 @@ + @@ -37380,6 +37552,7 @@ + @@ -37434,6 +37607,7 @@ + @@ -37488,6 +37662,7 @@ + @@ -38277,6 +38452,7 @@ + @@ -38331,6 +38507,7 @@ + @@ -38385,6 +38562,7 @@ + @@ -38439,6 +38617,7 @@ + @@ -38493,6 +38672,7 @@ + @@ -38547,6 +38727,7 @@ + @@ -38601,6 +38782,7 @@ + @@ -38655,6 +38837,7 @@ + @@ -38709,6 +38892,7 @@ + @@ -38763,6 +38947,7 @@ + @@ -38817,6 +39002,7 @@ + @@ -38871,6 +39057,7 @@ + @@ -38925,6 +39112,7 @@ + @@ -38979,6 +39167,7 @@ + @@ -39033,6 +39222,7 @@ + @@ -39087,6 +39277,7 @@ + @@ -39141,6 +39332,7 @@ + @@ -39195,6 +39387,7 @@ + @@ -39249,6 +39442,7 @@ + @@ -39303,6 +39497,7 @@ + @@ -39357,6 +39552,7 @@ + @@ -39411,6 +39607,7 @@ + @@ -39465,6 +39662,7 @@ + @@ -39519,6 +39717,7 @@ + @@ -39573,6 +39772,7 @@ + @@ -47956,6 +48156,7 @@ + @@ -48009,6 +48210,7 @@ + @@ -48062,6 +48264,7 @@ + @@ -48115,6 +48318,7 @@ + @@ -48168,6 +48372,7 @@ + @@ -48221,6 +48426,7 @@ + @@ -48274,6 +48480,7 @@ + @@ -48327,6 +48534,7 @@ + @@ -48380,6 +48588,7 @@ + @@ -48433,6 +48642,7 @@ + @@ -48486,6 +48696,7 @@ + @@ -48539,6 +48750,7 @@ + @@ -48592,6 +48804,7 @@ + @@ -48645,6 +48858,7 @@ + @@ -48698,6 +48912,7 @@ + @@ -48751,6 +48966,7 @@ + @@ -48804,6 +49020,7 @@ + @@ -48857,6 +49074,7 @@ + @@ -48910,6 +49128,7 @@ + @@ -48963,6 +49182,7 @@ + @@ -49016,6 +49236,7 @@ + @@ -49069,6 +49290,7 @@ + @@ -49122,6 +49344,7 @@ + @@ -49175,6 +49398,7 @@ + @@ -49228,6 +49452,7 @@ + @@ -49842,6 +50067,7 @@ + @@ -49896,6 +50122,7 @@ + @@ -49950,6 +50177,7 @@ + @@ -50004,6 +50232,7 @@ + @@ -50058,6 +50287,7 @@ + @@ -50112,6 +50342,7 @@ + @@ -50166,6 +50397,7 @@ + @@ -50220,6 +50452,7 @@ + @@ -50274,6 +50507,7 @@ + @@ -50328,6 +50562,7 @@ + @@ -50382,6 +50617,7 @@ + @@ -50436,6 +50672,7 @@ + @@ -50490,6 +50727,7 @@ + @@ -50544,6 +50782,7 @@ + @@ -50598,6 +50837,7 @@ + @@ -50652,6 +50892,7 @@ + @@ -50706,6 +50947,7 @@ + @@ -50760,6 +51002,7 @@ + @@ -50814,6 +51057,7 @@ + @@ -50868,6 +51112,7 @@ + @@ -50922,6 +51167,7 @@ + @@ -50976,6 +51222,7 @@ + @@ -51030,6 +51277,7 @@ + @@ -51084,6 +51332,7 @@ + @@ -51138,6 +51387,7 @@ + @@ -51927,6 +52177,7 @@ + @@ -51981,6 +52232,7 @@ + @@ -52035,6 +52287,7 @@ + @@ -52089,6 +52342,7 @@ + @@ -52143,6 +52397,7 @@ + @@ -52197,6 +52452,7 @@ + @@ -52251,6 +52507,7 @@ + @@ -52305,6 +52562,7 @@ + @@ -52359,6 +52617,7 @@ + @@ -52413,6 +52672,7 @@ + @@ -52467,6 +52727,7 @@ + @@ -52521,6 +52782,7 @@ + @@ -52575,6 +52837,7 @@ + @@ -52629,6 +52892,7 @@ + @@ -52683,6 +52947,7 @@ + @@ -52737,6 +53002,7 @@ + @@ -52791,6 +53057,7 @@ + @@ -52845,6 +53112,7 @@ + @@ -52899,6 +53167,7 @@ + @@ -52953,6 +53222,7 @@ + @@ -53007,6 +53277,7 @@ + @@ -53061,6 +53332,7 @@ + @@ -53115,6 +53387,7 @@ + @@ -53169,6 +53442,7 @@ + @@ -53223,6 +53497,7 @@ + @@ -61606,6 +61881,7 @@ + @@ -61659,6 +61935,7 @@ + @@ -61712,6 +61989,7 @@ + @@ -61765,6 +62043,7 @@ + @@ -61818,6 +62097,7 @@ + @@ -61871,6 +62151,7 @@ + @@ -61924,6 +62205,7 @@ + @@ -61977,6 +62259,7 @@ + @@ -62030,6 +62313,7 @@ + @@ -62083,6 +62367,7 @@ + @@ -62136,6 +62421,7 @@ + @@ -62189,6 +62475,7 @@ + @@ -62242,6 +62529,7 @@ + @@ -62295,6 +62583,7 @@ + @@ -62348,6 +62637,7 @@ + @@ -62401,6 +62691,7 @@ + @@ -62454,6 +62745,7 @@ + @@ -62507,6 +62799,7 @@ + @@ -62560,6 +62853,7 @@ + @@ -62613,6 +62907,7 @@ + @@ -62666,6 +62961,7 @@ + @@ -62719,6 +63015,7 @@ + @@ -62772,6 +63069,7 @@ + @@ -62825,6 +63123,7 @@ + @@ -62878,6 +63177,7 @@ + @@ -63492,6 +63792,7 @@ + @@ -63546,6 +63847,7 @@ + @@ -63600,6 +63902,7 @@ + @@ -63654,6 +63957,7 @@ + @@ -63708,6 +64012,7 @@ + @@ -63762,6 +64067,7 @@ + @@ -63816,6 +64122,7 @@ + @@ -63870,6 +64177,7 @@ + @@ -63924,6 +64232,7 @@ + @@ -63978,6 +64287,7 @@ + @@ -64032,6 +64342,7 @@ + @@ -64086,6 +64397,7 @@ + @@ -64140,6 +64452,7 @@ + @@ -64194,6 +64507,7 @@ + @@ -64248,6 +64562,7 @@ + @@ -64302,6 +64617,7 @@ + @@ -64356,6 +64672,7 @@ + @@ -64410,6 +64727,7 @@ + @@ -64464,6 +64782,7 @@ + @@ -64518,6 +64837,7 @@ + @@ -64572,6 +64892,7 @@ + @@ -64626,6 +64947,7 @@ + @@ -64680,6 +65002,7 @@ + @@ -64734,6 +65057,7 @@ + @@ -64788,6 +65112,7 @@ + @@ -65577,6 +65902,7 @@ + @@ -65631,6 +65957,7 @@ + @@ -65685,6 +66012,7 @@ + @@ -65739,6 +66067,7 @@ + @@ -65793,6 +66122,7 @@ + @@ -65847,6 +66177,7 @@ + @@ -65901,6 +66232,7 @@ + @@ -65955,6 +66287,7 @@ + @@ -66009,6 +66342,7 @@ + @@ -66063,6 +66397,7 @@ + @@ -66117,6 +66452,7 @@ + @@ -66171,6 +66507,7 @@ + @@ -66225,6 +66562,7 @@ + @@ -66279,6 +66617,7 @@ + @@ -66333,6 +66672,7 @@ + @@ -66387,6 +66727,7 @@ + @@ -66441,6 +66782,7 @@ + @@ -66495,6 +66837,7 @@ + @@ -66549,6 +66892,7 @@ + @@ -66603,6 +66947,7 @@ + @@ -66657,6 +67002,7 @@ + @@ -66711,6 +67057,7 @@ + @@ -66765,6 +67112,7 @@ + @@ -66819,6 +67167,7 @@ + @@ -66873,6 +67222,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML index 890f5e5bc5..306f77ee71 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames-ms2-noMsMsWithoutPrecursor-centroid.mzML @@ -107,6 +107,7 @@ + @@ -161,6 +162,7 @@ + @@ -215,6 +217,7 @@ + @@ -269,6 +272,7 @@ + @@ -323,6 +327,7 @@ + @@ -377,6 +382,7 @@ + @@ -431,6 +437,7 @@ + @@ -485,6 +492,7 @@ + @@ -539,6 +547,7 @@ + @@ -593,6 +602,7 @@ + @@ -647,6 +657,7 @@ + @@ -701,6 +712,7 @@ + @@ -755,6 +767,7 @@ + @@ -809,6 +822,7 @@ + @@ -863,6 +877,7 @@ + @@ -917,6 +932,7 @@ + @@ -971,6 +987,7 @@ + @@ -1025,6 +1042,7 @@ + @@ -1079,6 +1097,7 @@ + @@ -1133,6 +1152,7 @@ + @@ -1187,6 +1207,7 @@ + @@ -1241,6 +1262,7 @@ + @@ -1295,6 +1317,7 @@ + @@ -1349,6 +1372,7 @@ + @@ -1403,6 +1427,7 @@ + @@ -1457,6 +1482,7 @@ + @@ -1511,6 +1537,7 @@ + @@ -1565,6 +1592,7 @@ + @@ -1619,6 +1647,7 @@ + @@ -1673,6 +1702,7 @@ + @@ -1727,6 +1757,7 @@ + @@ -1781,6 +1812,7 @@ + @@ -1835,6 +1867,7 @@ + @@ -1889,6 +1922,7 @@ + @@ -1943,6 +1977,7 @@ + @@ -1997,6 +2032,7 @@ + @@ -2051,6 +2087,7 @@ + @@ -2105,6 +2142,7 @@ + @@ -2159,6 +2197,7 @@ + @@ -2213,6 +2252,7 @@ + @@ -2267,6 +2307,7 @@ + @@ -2321,6 +2362,7 @@ + @@ -2375,6 +2417,7 @@ + @@ -2429,6 +2472,7 @@ + @@ -2483,6 +2527,7 @@ + @@ -2537,6 +2582,7 @@ + @@ -2591,6 +2637,7 @@ + @@ -2645,6 +2692,7 @@ + @@ -2699,6 +2747,7 @@ + @@ -2753,6 +2802,7 @@ + @@ -2806,6 +2856,7 @@ + @@ -2859,6 +2910,7 @@ + @@ -2912,6 +2964,7 @@ + @@ -2965,6 +3018,7 @@ + @@ -3018,6 +3072,7 @@ + @@ -3071,6 +3126,7 @@ + @@ -3124,6 +3180,7 @@ + @@ -3177,6 +3234,7 @@ + @@ -3230,6 +3288,7 @@ + @@ -3283,6 +3342,7 @@ + @@ -3336,6 +3396,7 @@ + @@ -3389,6 +3450,7 @@ + @@ -3442,6 +3504,7 @@ + @@ -3495,6 +3558,7 @@ + @@ -3548,6 +3612,7 @@ + @@ -3601,6 +3666,7 @@ + @@ -3654,6 +3720,7 @@ + @@ -3707,6 +3774,7 @@ + @@ -3760,6 +3828,7 @@ + @@ -3813,6 +3882,7 @@ + @@ -3866,6 +3936,7 @@ + @@ -3919,6 +3990,7 @@ + @@ -3972,6 +4044,7 @@ + @@ -4025,6 +4098,7 @@ + @@ -4078,6 +4152,7 @@ + @@ -4132,6 +4207,7 @@ + @@ -4186,6 +4262,7 @@ + @@ -4240,6 +4317,7 @@ + @@ -4294,6 +4372,7 @@ + @@ -4348,6 +4427,7 @@ + @@ -4402,6 +4482,7 @@ + @@ -4456,6 +4537,7 @@ + @@ -4510,6 +4592,7 @@ + @@ -4564,6 +4647,7 @@ + @@ -4618,6 +4702,7 @@ + @@ -4672,6 +4757,7 @@ + @@ -4726,6 +4812,7 @@ + @@ -4780,6 +4867,7 @@ + @@ -4834,6 +4922,7 @@ + @@ -4888,6 +4977,7 @@ + @@ -4942,6 +5032,7 @@ + @@ -4996,6 +5087,7 @@ + @@ -5050,6 +5142,7 @@ + @@ -5104,6 +5197,7 @@ + @@ -5158,6 +5252,7 @@ + @@ -5212,6 +5307,7 @@ + @@ -5266,6 +5362,7 @@ + @@ -5320,6 +5417,7 @@ + @@ -5374,6 +5472,7 @@ + @@ -5428,6 +5527,7 @@ + @@ -5482,6 +5582,7 @@ + @@ -5536,6 +5637,7 @@ + @@ -5590,6 +5692,7 @@ + @@ -5644,6 +5747,7 @@ + @@ -5698,6 +5802,7 @@ + @@ -5752,6 +5857,7 @@ + @@ -5806,6 +5912,7 @@ + @@ -5860,6 +5967,7 @@ + @@ -5914,6 +6022,7 @@ + @@ -5968,6 +6077,7 @@ + @@ -6022,6 +6132,7 @@ + @@ -6076,6 +6187,7 @@ + @@ -6130,6 +6242,7 @@ + @@ -6184,6 +6297,7 @@ + @@ -6238,6 +6352,7 @@ + @@ -6292,6 +6407,7 @@ + @@ -6346,6 +6462,7 @@ + @@ -6400,6 +6517,7 @@ + @@ -6454,6 +6572,7 @@ + @@ -6508,6 +6627,7 @@ + @@ -6562,6 +6682,7 @@ + @@ -6616,6 +6737,7 @@ + @@ -6670,6 +6792,7 @@ + @@ -6724,6 +6847,7 @@ + @@ -6778,6 +6902,7 @@ + @@ -6831,6 +6956,7 @@ + @@ -6884,6 +7010,7 @@ + @@ -6937,6 +7064,7 @@ + @@ -6990,6 +7118,7 @@ + @@ -7043,6 +7172,7 @@ + @@ -7096,6 +7226,7 @@ + @@ -7149,6 +7280,7 @@ + @@ -7202,6 +7334,7 @@ + @@ -7255,6 +7388,7 @@ + @@ -7308,6 +7442,7 @@ + @@ -7361,6 +7496,7 @@ + @@ -7414,6 +7550,7 @@ + @@ -7467,6 +7604,7 @@ + @@ -7520,6 +7658,7 @@ + @@ -7573,6 +7712,7 @@ + @@ -7626,6 +7766,7 @@ + @@ -7679,6 +7820,7 @@ + @@ -7732,6 +7874,7 @@ + @@ -7785,6 +7928,7 @@ + @@ -7838,6 +7982,7 @@ + @@ -7891,6 +8036,7 @@ + @@ -7944,6 +8090,7 @@ + @@ -7997,6 +8144,7 @@ + @@ -8050,6 +8198,7 @@ + @@ -8103,6 +8252,7 @@ + @@ -8157,6 +8307,7 @@ + @@ -8211,6 +8362,7 @@ + @@ -8265,6 +8417,7 @@ + @@ -8319,6 +8472,7 @@ + @@ -8373,6 +8527,7 @@ + @@ -8427,6 +8582,7 @@ + @@ -8481,6 +8637,7 @@ + @@ -8535,6 +8692,7 @@ + @@ -8589,6 +8747,7 @@ + @@ -8643,6 +8802,7 @@ + @@ -8697,6 +8857,7 @@ + @@ -8751,6 +8912,7 @@ + @@ -8805,6 +8967,7 @@ + @@ -8859,6 +9022,7 @@ + @@ -8913,6 +9077,7 @@ + @@ -8967,6 +9132,7 @@ + @@ -9021,6 +9187,7 @@ + @@ -9075,6 +9242,7 @@ + @@ -9129,6 +9297,7 @@ + @@ -9183,6 +9352,7 @@ + @@ -9237,6 +9407,7 @@ + @@ -9291,6 +9462,7 @@ + @@ -9345,6 +9517,7 @@ + @@ -9399,6 +9572,7 @@ + @@ -9453,6 +9627,7 @@ + @@ -9507,6 +9682,7 @@ + @@ -9561,6 +9737,7 @@ + @@ -9615,6 +9792,7 @@ + @@ -9669,6 +9847,7 @@ + @@ -9723,6 +9902,7 @@ + @@ -9777,6 +9957,7 @@ + @@ -9831,6 +10012,7 @@ + @@ -9885,6 +10067,7 @@ + @@ -9939,6 +10122,7 @@ + @@ -9993,6 +10177,7 @@ + @@ -10047,6 +10232,7 @@ + @@ -10101,6 +10287,7 @@ + @@ -10155,6 +10342,7 @@ + @@ -10209,6 +10397,7 @@ + @@ -10263,6 +10452,7 @@ + @@ -10317,6 +10507,7 @@ + @@ -10371,6 +10562,7 @@ + @@ -10425,6 +10617,7 @@ + @@ -10479,6 +10672,7 @@ + @@ -10533,6 +10727,7 @@ + @@ -10587,6 +10782,7 @@ + @@ -10641,6 +10837,7 @@ + @@ -10695,6 +10892,7 @@ + @@ -10749,6 +10947,7 @@ + @@ -10803,6 +11002,7 @@ + @@ -10856,6 +11056,7 @@ + @@ -10909,6 +11110,7 @@ + @@ -10962,6 +11164,7 @@ + @@ -11015,6 +11218,7 @@ + @@ -11068,6 +11272,7 @@ + @@ -11121,6 +11326,7 @@ + @@ -11174,6 +11380,7 @@ + @@ -11227,6 +11434,7 @@ + @@ -11280,6 +11488,7 @@ + @@ -11333,6 +11542,7 @@ + @@ -11386,6 +11596,7 @@ + @@ -11439,6 +11650,7 @@ + @@ -11492,6 +11704,7 @@ + @@ -11545,6 +11758,7 @@ + @@ -11598,6 +11812,7 @@ + @@ -11651,6 +11866,7 @@ + @@ -11704,6 +11920,7 @@ + @@ -11757,6 +11974,7 @@ + @@ -11810,6 +12028,7 @@ + @@ -11863,6 +12082,7 @@ + @@ -11916,6 +12136,7 @@ + @@ -11969,6 +12190,7 @@ + @@ -12022,6 +12244,7 @@ + @@ -12075,6 +12298,7 @@ + @@ -12128,6 +12352,7 @@ + @@ -12182,6 +12407,7 @@ + @@ -12236,6 +12462,7 @@ + @@ -12290,6 +12517,7 @@ + @@ -12344,6 +12572,7 @@ + @@ -12398,6 +12627,7 @@ + @@ -12452,6 +12682,7 @@ + @@ -12506,6 +12737,7 @@ + @@ -12560,6 +12792,7 @@ + @@ -12614,6 +12847,7 @@ + @@ -12668,6 +12902,7 @@ + @@ -12722,6 +12957,7 @@ + @@ -12776,6 +13012,7 @@ + @@ -12830,6 +13067,7 @@ + @@ -12884,6 +13122,7 @@ + @@ -12938,6 +13177,7 @@ + @@ -12992,6 +13232,7 @@ + @@ -13046,6 +13287,7 @@ + @@ -13100,6 +13342,7 @@ + @@ -13154,6 +13397,7 @@ + @@ -13208,6 +13452,7 @@ + @@ -13262,6 +13507,7 @@ + @@ -13316,6 +13562,7 @@ + @@ -13370,6 +13617,7 @@ + @@ -13424,6 +13672,7 @@ + @@ -13478,6 +13727,7 @@ + @@ -13532,6 +13782,7 @@ + @@ -13586,6 +13837,7 @@ + @@ -13640,6 +13892,7 @@ + @@ -13694,6 +13947,7 @@ + @@ -13748,6 +14002,7 @@ + @@ -13802,6 +14057,7 @@ + @@ -13856,6 +14112,7 @@ + @@ -13910,6 +14167,7 @@ + @@ -13964,6 +14222,7 @@ + @@ -14018,6 +14277,7 @@ + @@ -14072,6 +14332,7 @@ + @@ -14126,6 +14387,7 @@ + @@ -14180,6 +14442,7 @@ + @@ -14234,6 +14497,7 @@ + @@ -14288,6 +14552,7 @@ + @@ -14342,6 +14607,7 @@ + @@ -14396,6 +14662,7 @@ + @@ -14450,6 +14717,7 @@ + @@ -14504,6 +14772,7 @@ + @@ -14558,6 +14827,7 @@ + @@ -14612,6 +14882,7 @@ + @@ -14666,6 +14937,7 @@ + @@ -14720,6 +14992,7 @@ + @@ -14774,6 +15047,7 @@ + @@ -14828,6 +15102,7 @@ + @@ -14881,6 +15156,7 @@ + @@ -14934,6 +15210,7 @@ + @@ -14987,6 +15264,7 @@ + @@ -15040,6 +15318,7 @@ + @@ -15093,6 +15372,7 @@ + @@ -15146,6 +15426,7 @@ + @@ -15199,6 +15480,7 @@ + @@ -15252,6 +15534,7 @@ + @@ -15305,6 +15588,7 @@ + @@ -15358,6 +15642,7 @@ + @@ -15411,6 +15696,7 @@ + @@ -15464,6 +15750,7 @@ + @@ -15517,6 +15804,7 @@ + @@ -15570,6 +15858,7 @@ + @@ -15623,6 +15912,7 @@ + @@ -15676,6 +15966,7 @@ + @@ -15729,6 +16020,7 @@ + @@ -15782,6 +16074,7 @@ + @@ -15835,6 +16128,7 @@ + @@ -15888,6 +16182,7 @@ + @@ -15941,6 +16236,7 @@ + @@ -15994,6 +16290,7 @@ + @@ -16047,6 +16344,7 @@ + @@ -16100,6 +16398,7 @@ + @@ -16153,6 +16452,7 @@ + @@ -16207,6 +16507,7 @@ + @@ -16261,6 +16562,7 @@ + @@ -16315,6 +16617,7 @@ + @@ -16369,6 +16672,7 @@ + @@ -16423,6 +16727,7 @@ + @@ -16477,6 +16782,7 @@ + @@ -16531,6 +16837,7 @@ + @@ -16585,6 +16892,7 @@ + @@ -16639,6 +16947,7 @@ + @@ -16693,6 +17002,7 @@ + @@ -16747,6 +17057,7 @@ + @@ -16801,6 +17112,7 @@ + @@ -16855,6 +17167,7 @@ + @@ -16909,6 +17222,7 @@ + @@ -16963,6 +17277,7 @@ + @@ -17017,6 +17332,7 @@ + @@ -17071,6 +17387,7 @@ + @@ -17125,6 +17442,7 @@ + @@ -17179,6 +17497,7 @@ + @@ -17233,6 +17552,7 @@ + @@ -17287,6 +17607,7 @@ + @@ -17341,6 +17662,7 @@ + @@ -17395,6 +17717,7 @@ + @@ -17449,6 +17772,7 @@ + @@ -17503,6 +17827,7 @@ + @@ -17557,6 +17882,7 @@ + @@ -17611,6 +17937,7 @@ + @@ -17665,6 +17992,7 @@ + @@ -17719,6 +18047,7 @@ + @@ -17773,6 +18102,7 @@ + @@ -17827,6 +18157,7 @@ + @@ -17881,6 +18212,7 @@ + @@ -17935,6 +18267,7 @@ + @@ -17989,6 +18322,7 @@ + @@ -18043,6 +18377,7 @@ + @@ -18097,6 +18432,7 @@ + @@ -18151,6 +18487,7 @@ + @@ -18205,6 +18542,7 @@ + @@ -18259,6 +18597,7 @@ + @@ -18313,6 +18652,7 @@ + @@ -18367,6 +18707,7 @@ + @@ -18421,6 +18762,7 @@ + @@ -18475,6 +18817,7 @@ + @@ -18529,6 +18872,7 @@ + @@ -18583,6 +18927,7 @@ + @@ -18637,6 +18982,7 @@ + @@ -18691,6 +19037,7 @@ + @@ -18745,6 +19092,7 @@ + @@ -18799,6 +19147,7 @@ + @@ -18853,6 +19202,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML index 0909b29829..deea2e43ed 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/Reader_Bruker_Test.data/Hela_QC_PASEF_Slot1-first-6-frames.mzML @@ -8119,6 +8119,7 @@ + @@ -8173,6 +8174,7 @@ + @@ -8227,6 +8229,7 @@ + @@ -8281,6 +8284,7 @@ + @@ -8335,6 +8339,7 @@ + @@ -8389,6 +8394,7 @@ + @@ -8443,6 +8449,7 @@ + @@ -8497,6 +8504,7 @@ + @@ -8551,6 +8559,7 @@ + @@ -8605,6 +8614,7 @@ + @@ -8659,6 +8669,7 @@ + @@ -8713,6 +8724,7 @@ + @@ -8767,6 +8779,7 @@ + @@ -8821,6 +8834,7 @@ + @@ -8875,6 +8889,7 @@ + @@ -8929,6 +8944,7 @@ + @@ -8983,6 +8999,7 @@ + @@ -9037,6 +9054,7 @@ + @@ -9091,6 +9109,7 @@ + @@ -9145,6 +9164,7 @@ + @@ -9199,6 +9219,7 @@ + @@ -9253,6 +9274,7 @@ + @@ -9307,6 +9329,7 @@ + @@ -9361,6 +9384,7 @@ + @@ -9415,6 +9439,7 @@ + @@ -10974,6 +10999,7 @@ + @@ -11028,6 +11054,7 @@ + @@ -11082,6 +11109,7 @@ + @@ -11136,6 +11164,7 @@ + @@ -11190,6 +11219,7 @@ + @@ -11244,6 +11274,7 @@ + @@ -11298,6 +11329,7 @@ + @@ -11352,6 +11384,7 @@ + @@ -11406,6 +11439,7 @@ + @@ -11460,6 +11494,7 @@ + @@ -11514,6 +11549,7 @@ + @@ -11568,6 +11604,7 @@ + @@ -11622,6 +11659,7 @@ + @@ -11676,6 +11714,7 @@ + @@ -11730,6 +11769,7 @@ + @@ -11784,6 +11824,7 @@ + @@ -11838,6 +11879,7 @@ + @@ -11892,6 +11934,7 @@ + @@ -11946,6 +11989,7 @@ + @@ -12000,6 +12044,7 @@ + @@ -12054,6 +12099,7 @@ + @@ -12108,6 +12154,7 @@ + @@ -12162,6 +12209,7 @@ + @@ -12216,6 +12264,7 @@ + @@ -12270,6 +12319,7 @@ + @@ -20653,6 +20703,7 @@ + @@ -20706,6 +20757,7 @@ + @@ -20759,6 +20811,7 @@ + @@ -20812,6 +20865,7 @@ + @@ -20865,6 +20919,7 @@ + @@ -20918,6 +20973,7 @@ + @@ -20971,6 +21027,7 @@ + @@ -21024,6 +21081,7 @@ + @@ -21077,6 +21135,7 @@ + @@ -21130,6 +21189,7 @@ + @@ -21183,6 +21243,7 @@ + @@ -21236,6 +21297,7 @@ + @@ -21289,6 +21351,7 @@ + @@ -21342,6 +21405,7 @@ + @@ -21395,6 +21459,7 @@ + @@ -21448,6 +21513,7 @@ + @@ -21501,6 +21567,7 @@ + @@ -21554,6 +21621,7 @@ + @@ -21607,6 +21675,7 @@ + @@ -21660,6 +21729,7 @@ + @@ -21713,6 +21783,7 @@ + @@ -21766,6 +21837,7 @@ + @@ -21819,6 +21891,7 @@ + @@ -21872,6 +21945,7 @@ + @@ -21925,6 +21999,7 @@ + @@ -22539,6 +22614,7 @@ + @@ -22593,6 +22669,7 @@ + @@ -22647,6 +22724,7 @@ + @@ -22701,6 +22779,7 @@ + @@ -22755,6 +22834,7 @@ + @@ -22809,6 +22889,7 @@ + @@ -22863,6 +22944,7 @@ + @@ -22917,6 +22999,7 @@ + @@ -22971,6 +23054,7 @@ + @@ -23025,6 +23109,7 @@ + @@ -23079,6 +23164,7 @@ + @@ -23133,6 +23219,7 @@ + @@ -23187,6 +23274,7 @@ + @@ -23241,6 +23329,7 @@ + @@ -23295,6 +23384,7 @@ + @@ -23349,6 +23439,7 @@ + @@ -23403,6 +23494,7 @@ + @@ -23457,6 +23549,7 @@ + @@ -23511,6 +23604,7 @@ + @@ -23565,6 +23659,7 @@ + @@ -23619,6 +23714,7 @@ + @@ -23673,6 +23769,7 @@ + @@ -23727,6 +23824,7 @@ + @@ -23781,6 +23879,7 @@ + @@ -23835,6 +23934,7 @@ + @@ -24624,6 +24724,7 @@ + @@ -24678,6 +24779,7 @@ + @@ -24732,6 +24834,7 @@ + @@ -24786,6 +24889,7 @@ + @@ -24840,6 +24944,7 @@ + @@ -24894,6 +24999,7 @@ + @@ -24948,6 +25054,7 @@ + @@ -25002,6 +25109,7 @@ + @@ -25056,6 +25164,7 @@ + @@ -25110,6 +25219,7 @@ + @@ -25164,6 +25274,7 @@ + @@ -25218,6 +25329,7 @@ + @@ -25272,6 +25384,7 @@ + @@ -25326,6 +25439,7 @@ + @@ -25380,6 +25494,7 @@ + @@ -25434,6 +25549,7 @@ + @@ -25488,6 +25604,7 @@ + @@ -25542,6 +25659,7 @@ + @@ -25596,6 +25714,7 @@ + @@ -25650,6 +25769,7 @@ + @@ -25704,6 +25824,7 @@ + @@ -25758,6 +25879,7 @@ + @@ -25812,6 +25934,7 @@ + @@ -25866,6 +25989,7 @@ + @@ -25920,6 +26044,7 @@ + @@ -34303,6 +34428,7 @@ + @@ -34356,6 +34482,7 @@ + @@ -34409,6 +34536,7 @@ + @@ -34462,6 +34590,7 @@ + @@ -34515,6 +34644,7 @@ + @@ -34568,6 +34698,7 @@ + @@ -34621,6 +34752,7 @@ + @@ -34674,6 +34806,7 @@ + @@ -34727,6 +34860,7 @@ + @@ -34780,6 +34914,7 @@ + @@ -34833,6 +34968,7 @@ + @@ -34886,6 +35022,7 @@ + @@ -34939,6 +35076,7 @@ + @@ -34992,6 +35130,7 @@ + @@ -35045,6 +35184,7 @@ + @@ -35098,6 +35238,7 @@ + @@ -35151,6 +35292,7 @@ + @@ -35204,6 +35346,7 @@ + @@ -35257,6 +35400,7 @@ + @@ -35310,6 +35454,7 @@ + @@ -35363,6 +35508,7 @@ + @@ -35416,6 +35562,7 @@ + @@ -35469,6 +35616,7 @@ + @@ -35522,6 +35670,7 @@ + @@ -35575,6 +35724,7 @@ + @@ -36189,6 +36339,7 @@ + @@ -36243,6 +36394,7 @@ + @@ -36297,6 +36449,7 @@ + @@ -36351,6 +36504,7 @@ + @@ -36405,6 +36559,7 @@ + @@ -36459,6 +36614,7 @@ + @@ -36513,6 +36669,7 @@ + @@ -36567,6 +36724,7 @@ + @@ -36621,6 +36779,7 @@ + @@ -36675,6 +36834,7 @@ + @@ -36729,6 +36889,7 @@ + @@ -36783,6 +36944,7 @@ + @@ -36837,6 +36999,7 @@ + @@ -36891,6 +37054,7 @@ + @@ -36945,6 +37109,7 @@ + @@ -36999,6 +37164,7 @@ + @@ -37053,6 +37219,7 @@ + @@ -37107,6 +37274,7 @@ + @@ -37161,6 +37329,7 @@ + @@ -37215,6 +37384,7 @@ + @@ -37269,6 +37439,7 @@ + @@ -37323,6 +37494,7 @@ + @@ -37377,6 +37549,7 @@ + @@ -37431,6 +37604,7 @@ + @@ -37485,6 +37659,7 @@ + @@ -38274,6 +38449,7 @@ + @@ -38328,6 +38504,7 @@ + @@ -38382,6 +38559,7 @@ + @@ -38436,6 +38614,7 @@ + @@ -38490,6 +38669,7 @@ + @@ -38544,6 +38724,7 @@ + @@ -38598,6 +38779,7 @@ + @@ -38652,6 +38834,7 @@ + @@ -38706,6 +38889,7 @@ + @@ -38760,6 +38944,7 @@ + @@ -38814,6 +38999,7 @@ + @@ -38868,6 +39054,7 @@ + @@ -38922,6 +39109,7 @@ + @@ -38976,6 +39164,7 @@ + @@ -39030,6 +39219,7 @@ + @@ -39084,6 +39274,7 @@ + @@ -39138,6 +39329,7 @@ + @@ -39192,6 +39384,7 @@ + @@ -39246,6 +39439,7 @@ + @@ -39300,6 +39494,7 @@ + @@ -39354,6 +39549,7 @@ + @@ -39408,6 +39604,7 @@ + @@ -39462,6 +39659,7 @@ + @@ -39516,6 +39714,7 @@ + @@ -39570,6 +39769,7 @@ + @@ -47953,6 +48153,7 @@ + @@ -48006,6 +48207,7 @@ + @@ -48059,6 +48261,7 @@ + @@ -48112,6 +48315,7 @@ + @@ -48165,6 +48369,7 @@ + @@ -48218,6 +48423,7 @@ + @@ -48271,6 +48477,7 @@ + @@ -48324,6 +48531,7 @@ + @@ -48377,6 +48585,7 @@ + @@ -48430,6 +48639,7 @@ + @@ -48483,6 +48693,7 @@ + @@ -48536,6 +48747,7 @@ + @@ -48589,6 +48801,7 @@ + @@ -48642,6 +48855,7 @@ + @@ -48695,6 +48909,7 @@ + @@ -48748,6 +48963,7 @@ + @@ -48801,6 +49017,7 @@ + @@ -48854,6 +49071,7 @@ + @@ -48907,6 +49125,7 @@ + @@ -48960,6 +49179,7 @@ + @@ -49013,6 +49233,7 @@ + @@ -49066,6 +49287,7 @@ + @@ -49119,6 +49341,7 @@ + @@ -49172,6 +49395,7 @@ + @@ -49225,6 +49449,7 @@ + @@ -49839,6 +50064,7 @@ + @@ -49893,6 +50119,7 @@ + @@ -49947,6 +50174,7 @@ + @@ -50001,6 +50229,7 @@ + @@ -50055,6 +50284,7 @@ + @@ -50109,6 +50339,7 @@ + @@ -50163,6 +50394,7 @@ + @@ -50217,6 +50449,7 @@ + @@ -50271,6 +50504,7 @@ + @@ -50325,6 +50559,7 @@ + @@ -50379,6 +50614,7 @@ + @@ -50433,6 +50669,7 @@ + @@ -50487,6 +50724,7 @@ + @@ -50541,6 +50779,7 @@ + @@ -50595,6 +50834,7 @@ + @@ -50649,6 +50889,7 @@ + @@ -50703,6 +50944,7 @@ + @@ -50757,6 +50999,7 @@ + @@ -50811,6 +51054,7 @@ + @@ -50865,6 +51109,7 @@ + @@ -50919,6 +51164,7 @@ + @@ -50973,6 +51219,7 @@ + @@ -51027,6 +51274,7 @@ + @@ -51081,6 +51329,7 @@ + @@ -51135,6 +51384,7 @@ + @@ -51924,6 +52174,7 @@ + @@ -51978,6 +52229,7 @@ + @@ -52032,6 +52284,7 @@ + @@ -52086,6 +52339,7 @@ + @@ -52140,6 +52394,7 @@ + @@ -52194,6 +52449,7 @@ + @@ -52248,6 +52504,7 @@ + @@ -52302,6 +52559,7 @@ + @@ -52356,6 +52614,7 @@ + @@ -52410,6 +52669,7 @@ + @@ -52464,6 +52724,7 @@ + @@ -52518,6 +52779,7 @@ + @@ -52572,6 +52834,7 @@ + @@ -52626,6 +52889,7 @@ + @@ -52680,6 +52944,7 @@ + @@ -52734,6 +52999,7 @@ + @@ -52788,6 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+ @@ -63759,6 +64064,7 @@ + @@ -63813,6 +64119,7 @@ + @@ -63867,6 +64174,7 @@ + @@ -63921,6 +64229,7 @@ + @@ -63975,6 +64284,7 @@ + @@ -64029,6 +64339,7 @@ + @@ -64083,6 +64394,7 @@ + @@ -64137,6 +64449,7 @@ + @@ -64191,6 +64504,7 @@ + @@ -64245,6 +64559,7 @@ + @@ -64299,6 +64614,7 @@ + @@ -64353,6 +64669,7 @@ + @@ -64407,6 +64724,7 @@ + @@ -64461,6 +64779,7 @@ + @@ -64515,6 +64834,7 @@ + @@ -64569,6 +64889,7 @@ + @@ -64623,6 +64944,7 @@ + @@ -64677,6 +64999,7 @@ + @@ -64731,6 +65054,7 @@ + @@ -64785,6 +65109,7 @@ + @@ -65574,6 +65899,7 @@ + @@ -65628,6 +65954,7 @@ + @@ -65682,6 +66009,7 @@ + @@ -65736,6 +66064,7 @@ + @@ -65790,6 +66119,7 @@ + @@ -65844,6 +66174,7 @@ + @@ -65898,6 +66229,7 @@ + @@ -65952,6 +66284,7 @@ + @@ -66006,6 +66339,7 @@ + @@ -66060,6 +66394,7 @@ + @@ -66114,6 +66449,7 @@ + @@ -66168,6 +66504,7 @@ + @@ -66222,6 +66559,7 @@ + @@ -66276,6 +66614,7 @@ + @@ -66330,6 +66669,7 @@ + @@ -66384,6 +66724,7 @@ + @@ -66438,6 +66779,7 @@ + @@ -66492,6 +66834,7 @@ + @@ -66546,6 +66889,7 @@ + @@ -66600,6 +66944,7 @@ + @@ -66654,6 +66999,7 @@ + @@ -66708,6 +67054,7 @@ + @@ -66762,6 +67109,7 @@ + @@ -66816,6 +67164,7 @@ + @@ -66870,6 +67219,7 @@ + diff --git a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp index e7258b3a77..96ba0d9bdc 100644 --- a/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp +++ b/pwiz/data/vendor_readers/Bruker/SpectrumList_Bruker.cpp @@ -305,6 +305,9 @@ PWIZ_API_DECL SpectrumPtr SpectrumList_Bruker::spectrum(size_t index, DetailLeve if (charge > 0) selectedIon.set(MS_charge_state, charge); + if(isolationInfo[i].intensity>0) + selectedIon.set(MS_peak_intensity, isolationInfo[i].intensity, MS_number_of_detector_counts); + switch (fragModes[i]) { case FragmentationMode_CID: diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp index 17423267e2..cb21bf162a 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/CompassData.hpp @@ -146,6 +146,7 @@ struct PWIZ_API_DECL IsolationInfo double isolationMz; IsolationMode isolationMode; double collisionEnergy; + double intensity; }; struct PWIZ_API_DECL MSSpectrumParameter diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp index f88175eb6f..4f4eab4006 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/TimsData.cpp @@ -854,12 +854,12 @@ void TimsSpectrum::getIsolationData(std::vector& isolationInfo) c if (HasPasefPrecursorInfo()) { const auto& info = GetPasefPrecursorInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, info.intensity }); } else if (!frame_.diaPasefIsolationInfoByScanNumber_.empty()) { const auto& info = getDiaPasefIsolationInfo(); - isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy }); + isolationInfo.resize(1, IsolationInfo{ info.isolationMz, IsolationMode_On, info.collisionEnergy, 0 }); } else if (frame_.precursorMz_.is_initialized()) { diff --git a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h index f24476eca3..b361a66e29 100644 --- a/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h +++ b/pwiz_aux/msrc/utility/vendor_api/Bruker/timsdata_cpp_pwiz.h @@ -260,6 +260,11 @@ namespace timsdata tims_scannum_to_oneoverk0(handle, frame_id, &in[0], &out[0], uint32_t(in.size())); } + double timesOneOverK0toCCSMz(const double ooK0, const int charge, const double mz) + { + return tims_oneoverk0_to_ccs_for_mz(ooK0, charge, mz); + } + private: void ctor_complete() {